Industri perbankan merupakan salah satu komponen sangat penting dalam perekonomian nasional demi menjaga keseimbangan kemajuan dan kesatuan eknonomi nasional. Stabilitas industri perbankan dimaksud sangat mempengaruhi stabilitas perekonomian secara keseluruhan. Beberapa peristiwa pada penghujung tahun 1997 di antaranya likuidasi 16 bank yang diikuti dengan krisis moneter dan perbankan pada tahun 1998 telah mengakibatkan tingkat kepercayaan masyarakat pada sistem perbankan di Indonesia menurun, sehingga terjadi penarikan dana masyarakat dari sistem perbankan (bank runs) dalam jumlah yang sangat signifikan. Untuk meningkatkan kembali kepercayaan masyarakat terhadap perbankan nasional sekaligus guna menghambat melemahnya nilai tukar rupiah, Pemerintah memberikan jaminan atas seluruh kewajiban pembayaran bank, termasuk simpanan masyarakat (Blanket Guarantee). Pemberian jaminan tersebut ditetapkan dalam Keputusan Presiden Nomor 26 Tahun 1998 tentang Jaminan Terhadap Kewajiban Pembayaran Bank Umum dan Keputusan Presiden Nomor 193 Tahun 1998 tentang Jaminan Terhadap Kewajiban Pembayaran Bank Perkreditan Rakyat.
Sejak 1998 hingga Februari 2004 program penjaminan Pemerintah dilaksanakan oleh Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN). Badan ini menangani pelaksanaan penjaminan Pemerintah terhadap kewajiban pembayaran 52 bank yang dibekukan operasi atau kegiatan usahanya sejak 1998.
Pada saat BPPN berakhir tugasnya pada 27 Februari 2004, pelaksanaan program penjaminan Pemerintah dialihkan ke Menteri Keuangan berdasarkan Keputusan Presiden nomor 17 Tahun 2004. Program penjaminan yang belum diselesaikan oleh BPPN selanjutnya dilaksanakan oleh Menteri Keuangan. Untuk melaksanakan program penjaminan Pemerintah ini, Menteri Keuangan diberi wewenang untuk membentuk unit pelaksana penjaminan Pemerintah dalam lingkungan Departemen Keuangan. Berdasarkan hal tersebut, pada tanggal 27 Pebruari 2004 Menteri Keuangan membentuk Unit Pelaksana Penjaminan Pemerintah (UP3).
Dalam pelaksanaannya, penjaminan yang sangat luas tersebut memang terbukti dapat menghentikan arus penarikan dana masyarakat dari sistem perbankan dan secara perlahan menumbuhkan kembali kepercayaan masyarakat terhadap industri perbankan. Namun demikian, luasnya ruang lingkup penjaminan tersebut telah membebani anggaran negara dan dapat menyebabkan timbulnya moral hazard baik dari pengelola bank maupun dari masyarakat. Pengelola bank menjadi kurang hati-hati dalam mengelola dana masyarakat, sementara nasabah tidak peduli untuk mengetahui kondisi keuangan bank karena simpanannya dijamin secara penuh oleh pemerintah. Dengan demikian program penjaminan atas seluruh kewajiban bank kurang mendorong terciptanya disiplin pasar. Selain itu, penerapan penjaminan secara luas ini yang berdasarkan kepada Keputusan Presiden kurang dapat memberikan kekuatan hukum sehingga menimbulkan permasalahan dalam pelaksanaan penjaminan. Oleh karena itu diperlukan dasar hukum yang lebih kuat dalam bentuk Undang-Undang.
Untuk mengatasi hal tersebut di atas dan agar tetap menciptakan rasa aman bagi nasabah penyimpan serta menjaga stabilitas sistem perbankan, program penjaminan yang sangat luas tersebut perlu digantikan dengan sistem penjaminan yang terbatas. Undang-Undang Nomor 10 Tahun 1998 tentang Perbankan mengamanatkan untuk membentuk suatu Lembaga Penjamin Simpanan (LPS) sebagai pelaksana penjaminan dana masyarakat. Pada tanggal 22 September 2004, Presiden Republik Indonesia mengesahkan Undang-undang Republik Indonesia Nomor 24 tentang Lembaga Penjamin Simpanan. Berdasarkan Undang-Undang tersebut, dibentuk LPS, suatu lembaga independen, yang berfungsi menjamin simpanan nasabah penyimpan dan turut aktif dalam memelihara stabilitas sistem perbankan sesuai dengan kewenangannya. Undang-undang tersebut berlaku efektif sejak tanggal 22 September 2005, dan sejak tanggal tersebut LPS resmi beroperasi.